Flora:
Dominan los bosques de coníferas y encinos; le siguen en importancia las selvas de las cuales existen dos tipos, las que tiran sus hojas en época seca del año y que son bajas y se distribuyen por todo el estado, así como las selvas que casi todo el año tienen hojas, que son medianas y se encuentran en la sierra que da a la costa en el municipio de Vallarta. También hay pastizales en la parte norte y noroeste. En Los Altos de Jalisco existen matorrales y áreas cubiertas de pasto. En la costa hay palmares, manglares y tulares.
Fauna:
En los bosques de coníferas y encinos y en los matorrales: ardilla arbórea, zorra gris, gato montés, venado cola blanca, comadreja, zorrillo, jabalí, liebre torda, coyote y lobo. En el manglar: pecarí, cocodrilo, armadillo, pato y garza. En ambientes acuáticos: langosta, guachinango, mero, pargo, tiburón, pez vela, dorado, gaviota, martín pescador y tortuga verde. Animales en peligro de extinción: mono araña, ocelote y tigrillo.
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